Les shimeji devraient toujours être cuits : crus, ils présentent une amertume qui disparaît à la cuisson. La texture une fois cuite est ferme et légèrement croquante ; un goût de noix se dégage. De plus, la digestion est facilitée par la cuisson.

Les shimeji sont utilisés dans des soupes, des ragoûts, les plats sautés et dans les sauces. Cuits seuls, les shimeji peuvent être sautés entiers, soit de manière courte à haute température, soit à basse température pendant un temps plus long avec un peu d’huile.